兵法与中医学是中国传统文化的重要组成部分，都具有古人哲学思辨内涵。孙武被誉为“兵圣”，《孙子兵法》被誉为“兵经”和“武经之冠”，张仲景被誉为“医圣”，《伤寒论》被誉为“医书之祖”，用药如用兵，兵法与医道之间有很大的相似性。
清代医家徐大椿在《医学源流论·用药如用兵》篇中说：“孙武子十三篇，治病之法尽之矣。”医学和兵法之间的确有诸多相似之处：兵法讲敌我之势，医术讲正邪之变；兵法讲攻守谋略，医术讲补泻之机；兵法讲三才之法，医术讲三因制宜；兵法讲全局观点，医术讲整体治疗等等。仲师有六经辨证之法，强调在遵守六经辨证规律的基础上，要谨守病机，随证施治，即仲景所言“知犯何逆，随证治之。”
兵法变化无穷，军情瞬息万变，临床情况万千，病情症状各异，《孙子兵法》与《伤寒论》两本书之中相通之处非常多，二者可谓“英雄所见略同”。
因势利导《孙子兵法·始计篇》载：“计利以听，乃为之势，以佐其外，势者，因利而制权也。”意思是造成对我方有利的态势，辅助对外的军事行动。灵活机变，掌握战场的主动权。《黄帝内经》中说：“其高者，因而越之；其下者，引而竭之；中满者，泻之于内。”在《伤寒论》中，这方面的例子很多。
六经病涵盖了全身疾病，三阳病以实证热证为主，三阴病以虚证寒证为主，但三阳经亦可出现虚证寒证，三阴经也有实证热证，临床情况复杂多变，临床上也常可见寒热虚实错杂的症状。所以兵无常势，法无常法，需因势利导。
《伤寒论》第条载：“脉滑而数者，有宿食也，当下之，宜大承气汤。”仲景治疗宿食，多采用因势利导的方法。
停滞于上，泛泛欲吐，用吐法，比如瓜蒂散证是阳明中风，寒结胸中的痞证，病位在上焦，用吐法以祛除胸中寒痰，宽胸畅膈。
停滞在下，常伴腹满，腹痛，脉滑数，用大承气汤推陈致新。病在下焦寒水不化，膀胱气化失司，水饮停积，则用利水逐饮的方法使得水饮从小便泻出，如五苓散证、猪苓汤证等。下焦蓄血，少腹瘀血阻滞，用活血通腑、破血逐瘀的方法祛瘀止痛，如核桃承气汤证、抵挡汤证、下瘀血汤证等。
已病防变《孙子兵法·虚实篇》说：“能使敌人自至者，利之也；能使敌人不得至者，害之也。”先安未受邪之地，固我军防，使敌知难而退。《九变篇》载：“故用兵之法，无恃其不来，恃吾有以待也；无恃其不攻，恃吾有所不可攻也。”
《伤寒论》第8条载：“太阳病……若欲作再经者，针足阳明，使经不传则愈。”针足阳明，使其经气旺盛，防止疾病传变。后世温病三焦传变中，也要先防肝肾之阴损伤，邪入下焦。此即《医学源流论·用药如用兵》所说：“传经之邪，而先夺其未至，则所以断敌之要道也；横暴之疾，而急保其未病，则所以守我岩疆也。”
攻补得宜《孙子兵法·军争篇》载：“佯北勿从，饵兵勿食。”即指敌人假装败退就不要跟踪追击，敌人的诱兵不要加以理睬。对方做出假的声势，要明辨对方的情况，采取适当的方法。在临床上，病情有时也会以一种假象出现，这时就要根据其他的症状表现来综合判断，明辨寒热真假。比如《伤寒论》第条载：“伤寒脉迟六七日，而反与黄芩汤彻其热……腹中应冷，当不能食，今反能食，此名除中，必死。”
病人临床表现为脉迟，腹中冷，不能食，仲师解释为“脉迟为寒”，本是少阴虚寒证，应该用温阳的方法，但是却误诊为热证，“今与黄芩汤，复除其热”，清热之后，阳衰更甚，病情危重，病人本胃寒不能食，但忽然出现了能进食，这是“除中”，即平常所说的“回光返照”，病人病情很快就会恶化，甚至死亡，这时应该急予“四逆辈”，如四逆汤、白通汤、白通加猪胆汁汤、回阳救急汤等回阳救逆，不能误以为是病情好转的表现。
第条“下利清谷，里寒外热，汗出而厥者，通脉四逆汤主之”，其机理是：下焦真阳不足，不能温暖脾土，水谷不分，故而下利清谷；脾主四肢，阳气不达四末，故而四肢厥冷；阴盛格阳，阳气外浮于表，故而表现为身热。是里真寒，外假热，这是病情危重的一种表现，阴寒极盛，阳气将脱，故用通脉四逆汤回阳救逆，汗出预示着虚阳将脱，不能误认为是表证或者热证。
将计就计《孙子兵法-用间篇》载：“故用问有五：有因间，有内问，有反问，有死间，有生间……因间者，因其乡人而用之。”兵法中很重要的一个策略是用间谍，孙武总结了五种间谍，其中一种是“因间”，即利用敌人的同乡做间谍。在中医学中，治疗方法也有相似的策略，即在阴阳格拒之时，用少量的与病性相同之药作为“引导”，防止阴阳格拒太过，两不相容，拒不受药。
如《伤寒论》第条载：“少阴病，……利不止，厥逆无脉，干呕烦者，白通加猪胆汁汤主之。”这一条是说少阴阳虚厥逆证，患者下利不止，阳气衰惫，四肢厥冷，甚至已经摸不到脉，是亡阳证，急当治以回阳救逆，方用“四逆辈”，但是在白通汤中附子、葱白、干姜三味温阳通脉药物的基础上却加用少量寒凉的猪胆汁，是为了防止大寒之体拒不受药，所以先用寒凉的药物顺从病性，再图施治，这里的猪胆汁就如同兵法中所谓的“因间”。
因时制宜《孙子兵法》在论述“火攻”法时提到：“发火有时，起火有日。时者，天之燥也；日者，月在箕、壁、翼、轸也。凡此四宿者，风起之日也。”是说在用火攻之时，需要借助天时的力量。
在病情的发展过程中，其实天时也起着不可忽视的作用。如《黄帝内经》中提到针刺治疗在碰到月圆之时不用补法，月晦之时不用泻法。
在《伤寒论》中载：“太阳病欲解时，从巳至未上。”“阳明病欲解时，从申至戌上。”“少阳病欲解时，从寅至辰上。”“太阴病欲解时，从亥至丑上。”“少阴病欲解时，从子至寅上。”“厥阴病欲解时，从丑至卯上。”
因为，在这些时候，正是本经经气旺盛之时，所以会扶助正气抗邪，病情减轻，此时用药，也会起到更加好的效果。同理，临床上亦根据天时采用适当的治疗措施。
兵无常法《孙子兵法·虚实篇》载：“夫兵形象水，水之形，避高而趋下；兵之形，避实而击虚。水因地而制流，兵因敌而制胜。故兵无常势，水无常形，能因敌变化而取胜者，谓之神。”兵形像水一样，根据形势而变，恒动不居，没有固定的形态，所以要随形势的变化而采用不同的作战方法，才能应对各种变化而取得胜利。临床上病情亦是复杂多变，更应该明辨证型，灵活施治，这在《伤寒论》中多处可见。
如第条载：“太阴病，脉浮者，可发汗，宜桂枝汤。”太阴病出现太阳表证时，当用解表法。第条载：“自利不渴者，属太阴，以其脏有寒故也，当温之，宜服四逆辈。”太阴病亦有少阴病，需以四逆汤类方温补脾肾。
近贤祝味菊将太阴病与少阴病归为一类，认为二者均是正气抵抗不足，只是程度不同，正与“四逆辈”相合。
久战国衰《孙子兵法·作战篇》载：“其用战也胜，久则钝兵挫锐，攻城则力屈，久暴师则国用不足。夫钝兵挫锐、屈力殚货，则诸侯乘其蔽而起，虽有智者，不能善其后矣。故兵闻拙速，未睹巧之久也。夫兵久而国利者，未之有也。故兵贵胜，不贵久。”
作战日久，劳民伤财，民生凋蔽，国力削弱，所以，打仗贵胜，不宜久。疾病同此，久病伤正，体力虚弱，正不胜邪，更难治愈，所以，有病当早治，治疗当高效及时，才能最大限度地减少疾病对人体的损害。
《伤寒论》第条载：“伤寒八九日，风湿相搏，身体疼烦，不能自转侧，不呕不渴，脉浮虚而涩者，桂枝附子汤主之。”这一条是讲伤寒风寒湿阻滞经络，使得身体疼烦，不能转侧，类似于痹症。
脉浮虚而涩是正气虚弱兼寒湿之气导致经脉不畅，脉浮者，反映疾病早期，表证可能尚在，所以用桂枝附子汤祛风除湿，温阳通络，仲师旨在早期即用重剂祛邪，以提高疗效，抵抗邪气对人体的损害。
《伤寒论》第条载：“少阴病，始得之，反发热，脉沉者，麻黄附子细辛汤主之。”少阴病本是肾阳亏虚，初起发热太阳表证，所以用麻黄发散太阳风寒，附子温补肾中之阳，细辛温经散寒，均是先用猛剂攻其外邪，补其阳气，待病势渐解，再缓缓调之。
《伤寒论》与其说是一本医书，不啻说是一本展现用兵之道的经典，仲师创六经辨证法，就体现了充分的军事智慧。全书方，每一方无不攻守兼备，攻补得宜，深谙兵法。从某种意义上来说，是医书中的《孙子兵法》。