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中药发酵是利用微生物的代谢能力来转化中药的活性分子，但发酵后，中药中的有效成分含量会有什么变化呢？
下面让我们来看一下来自无锡正大研发实验中心的数据：
发酵中药有效成分含量变化实验报告
实验目的测试中草药粉碎物发酵前后有效成分的含量变化。
仪器与设备高效液相色谱仪
依据《中华人民共和国兽药典（二部）》年版
实验方法高效液相色谱法
检测指标黄芩苷、绿原酸
图1.黄芩苷图2.绿原酸01结果
本实验通过对发酵中药中的黄芩有效成分黄芩苷和金银花的有效成分绿原酸进行检测，来揭示中药发酵前后有效成分含量的变化，测得结果如下
中药发酵前后黄芩苷和绿原酸含量变化表
表1.金银花发酵前HPLC图表2.金银花发酵后HPLC图表3.黄芩发酵前HPLC图表4.黄芩发酵后HPLC图02结论
1.经实验，中药粉碎物经发酵后，其有效成分含量均会急剧下降，其中糖苷类物质作为微生物的 能源及碳源会优先被消耗殆尽，随后微生物会开始分解其中的酚酸类物质，且随着发酵时间的延长，其中的有效成分含量会越低，对生物碱类有效成分的影响仍需进一步的研究。
2.从图谱中可以发现，中药经微生物发酵后会代谢出多种成分，目前尚无法确定新的代谢产物对动物体的具体影响。
总的来说，使用微生物发酵中药，除古方中特有的几种发酵中药，如六神曲等外，本质上是对中药材的破坏与浪费，发酵中药所起到的效果可能是由微生物所带来的，而非中药材本身的效果。